Organisatorisch sind an der Staatlichen Wirtschaftsschule Deggendorf derzeit 7 Fachbereiche eingerichtet:

Fachbereich Betriebswirtschaft/Rechnungswesen
Leitung: OStRin Lucia Wagner

Fachbereich Übungsfirma:
Leitung: StD Johann Ernst

Fachbereich Datenverarbeitung/Volkswirtschaft
Leitung: StR Thomas Gruber/StR Michael Huber

Fachbereich Textverarbeitung
Leitung: FOLin Irmtraud Wenz-Hube

Fachbereich Deutsch / Religion
Leitung: StD Gerhard Grimm

Fachbereich Englisch
Leitung: OStR Andreas Kammermeier

Fachbereich Mathematik
Leitung: OStR Anton Bürgermeister

Fachbereich Geschichte/Sozialkunde
Leitung: LAssin Michaela Walker